L’activité diagnostique du pathologiste est effectuée le plus souvent par l’étude d’un prélèvement tissulaire (biopsie, pièce opératoire provenant du bloc opératoire) ou cellulaire (cytoponction, frottis cervico-utérin).
Le pathologiste évoque alors un diagnostic sur ces prélèvements, diagnostic qu’il va transmettre sous forme d’un compte-rendu au médecin clinicien qui prend en charge le patient, et qui va conditionner la prise en charge thérapeutique.